Herzog Wilhelm V. (der Fromme) ließ in den Jahren 1583-1597 die größte Kirche der
Renaissancezeit diesseits der Alpen bauen. Die Kirche entstand in zwei Bauabschnitten: Die
eigentliche Kirche wurde zwischen 1583 und 1588 errichtet, mit einem Tonnengewölbe, das
nach dem der Peterskirche in Rom das zweitgrößte war. 1590 stürzte der Kirchturm ein
und zerstörte den Chor. Bis 1597 baute deshalb Friedrich Sustris an das Langhaus ein
Querschiff und einen neuen Chor an.
Das Innere wird insbesondere durch das Tonnengewölbe und durch den Triumphbogen des
Chores dominiert. Die Motive des Bogens setzen sich in denen der Querarme, in den
Seitenkapellen und in den Emporen fort. Die Ausstattung der Kirche richtet sich nach den
katholischen Buß- und Läuterungsritualen. Sehenswert sind der dreistöckige Hochaltar
und die Gemälde in den Seitenkapellen.
Die Michaelskirche wurde im 2. Weltkrieg stark beschädigt, danach jedoch wieder
aufgebaut. Zwischen 1980 und 1983 wurde das Innere mit beträchtlichem Aufwand
restauriert, wobei insbesondere der Stuck originalgetreu wiederhergestellt wurde.
Unter dem Chor befindet sich die Fürstengruft der Wittelsbacher. 41 Mitglieder des Hauses
sind hier begraben, u. a. Herzog Wilhelm V., Kurfürst Maximilian I. und Ludwig II. Unter
der Kreuzkapelle liegt darüber hinaus die ehemalige Gruft der Jesuiten.